歷史明朝時，靈境胡同分東西兩部分，東段因坐落有靈濟(jì)宮，因此被稱為靈濟(jì)宮，西部南側(cè)有宣城伯府，因此稱宣城伯后墻街。
清朝時，以西黃城根南街為界，東段因原“靈濟(jì)宮”逐漸變讀為靈清宮、林清宮（傳說和嘉慶年間攻打皇宮的反民林清有關(guān)），因此被稱為林清胡同，西段則稱為細(xì)米胡同。
1911年后，進(jìn)入民國時期，東段改稱為黃城根，西段則稱為靈境胡同。1949年后，兩段并稱為靈境胡同。
1985年，市政府開始對靈境胡同進(jìn)行改造，胡同西段的民宅拆除，建起6層的居民樓。到1988年，已有新居民樓13座，胡同被拓寬成了一條小馬路。
1992年前后，靈境胡同再次擴(kuò)寬。目前最寬處32.18米。
靈境胡同靈濟(jì)宮
西城區(qū)的府佑街里有個站牌子，標(biāo)有“靈境胡同”的站名，東西相對應(yīng)的西單北大街上也有一站，曾叫過“靈境胡同”，由此可知靈境胡同是條貫穿東西的長胡同。
這條胡同名稱源于一座道觀，觀名洪恩靈濟(jì)宮。靈濟(jì)宮地勢寬敞，殿堂宏偉壯觀，始建于明朝永樂十五年（公元1417年）三月，是為祭祀南唐人徐知證和徐知謬兄弟倆的。傳說這哥倆有著神奇的本領(lǐng)，好助人為樂，替人排優(yōu)解難。還是在明成祖朱棣北征掃蕩元軍時，作戰(zhàn)不利，于是就請這兩位神仙暗中助陣，果然取得勝利。
明成祖奪取了皇位，遷都北京，有一回生了病，夢中又是進(jìn)兩位神仙送來了神丹妙藥。皇帝吃下后，立時就痊愈了。成祖很高興，下旨在西苑外救建靈濟(jì)宮，來祭祀這兩位治病救命的神仙。還給他們封了號，一位為玉朗真人，一位為金胭真人，并將他們的夫人封為仙妃。到了第二年，也就是明永樂十六年，兩位神仙又升了級，由真人改封了真君，和三只眼睛的二郎神平級了。到了明成化二十二年（公元1486年）兩位真君的名號又大大地提了一步，明憲宗朱見深把他們封為上帝了。
這座與紫禁城比鄰的靈濟(jì)宮深受皇帝的垂青，每年元旦新春、冬至和兩位上帝誕辰日的那天，朝廷都要派遣太常寺的官員前往靈濟(jì)宮行禮。
兩位上帝不但治好過皇帝的病，還治好過大臣的病。明萬歷二十二年（公元1594年），大學(xué)士王錫爵身患沉病，明神宗朱翎鈞很為臣子優(yōu)慮，便撥出五十兩白銀，命令道官王昭忻到靈濟(jì)宮為這位大學(xué)士做法事。在這兩位神仙的暗中調(diào)理下，王錫爵的病真的好轉(zhuǎn)了。
靈濟(jì)宮在明代不僅是一座頗受重視的皇家道觀，還是百官集體活動的一個重要場所。每逢隆重大朝會之前，全體官員都要被集中到這里排演禮儀。直到明宣宗的宣德年間，這種演禮才被移到朝天宮。靈濟(jì)宮還是大學(xué)士、尚書們講學(xué)的地方，盛時，聽講者達(dá)千人。
靈濟(jì)宮也是招待道教領(lǐng)袖的賓館。明崇禎十四年（公元1641年），正一派真人天師張應(yīng)京被皇帝朱由檢召至京師，就在這里賜宴款待的。
到了清代，靈濟(jì)宮不那么紅火了。靈濟(jì)宮的名稱，在人們的口傳中，以訛傳訛，把“靈濟(jì)”變成了“靈清”，后來又轉(zhuǎn)成了“靈境”。道觀所在之地也就成了“靈境胡同”。
現(xiàn)代的靈境胡同寬闊筆直，西頭連接著繁華喧鬧的西單北大街，東頭連接著肅穆莊嚴(yán)的府佑街，小汽車往來奔馳，成為東西向的通忂。
